Nach dem 2. Weltkrieg war Adolf Oberlerchner, der als Mitarbeiter der Basler Mission in Kamerun gearbeitet hatte, in den evangelischen Gemeinden i.Ö. sehr aktiv tätig. Es entstanden in allen Teilen Österreichs Kreise von Basler Missionsfreunden. Zur gleichen Zeit gab es österreichische Initiativen, wie den „Evangelischen Arbeitskreis für Äußere Mission in Österreich“ (1951) und die „Österreichische Missionsgemeinschaft“ in Salzburg (1954).
„Am 29. Dezember 1949 richtete Pfr. Gerhard Gerhold (Thening), angeregt durch die „Theologische Arbeitsgemeinschaft“ (W. Dantine und R. Lissy) einen Aufruf an alle Pfarrer der Evangelischen Kirche. In diesem regte er die Gründung von Missionsräten in den Diözesen und einer „Gesamtösterreichische Missionskonferenz“ an. Durch den Krieg war die Sicht für die weltweite Verantwortung zur Gänze aus der österreichischen Kirche verschwunden und sie selbst dadurch in eine gefährliche Isolation geraten. Er schrieb:
„Eine Kirche aber, in der es soweit kommen konnte, ist in der ernsten Gefahr, den Blick und die Maßstäbe auch für die Not des Unglaubens im eigenen Volk, für die bedrohlich anwachsende Gottlosigkeit und nicht zuletzt für die eigene Verweltlichung zu verlieren.“
Gerhold ging es also nicht allein darum, Gelder für die Mission in Übersee zu sammeln, sondern sah die Isolation der Kirche von der Weltkirche und in der ausschließlichen Betreuung der Gemeinden eine ernsthafte Gefährdung für die Kirche selbst. Wer seiner Kirche helfen will in ihren inneren Nöten, muss über sich selbst hinausschauen lernen.“ (S. 65)
Dieser Aufruf wurde von einigen Pfarrern sehr freudig aufgenommen, u.a. Pfr. Dr. W. Dantine, OKR A. Künzel, Pfr. Stökl, Göhring u.a.
„Hier hatten Pfarrer, denen die Seelsorge unter den veränderten Bedingungen wichtig geworden war, erkannt, dass es notwendig ist, an Problemen jenseits der eigenen Grenzen Anteil zu nehmen. Sie fragten sich: Wie müssen wir uns ändern, damit das Evangelium im Großstadtmilieu für die Menschen bedeutsam und lebendig ist? Eine echt missionarische Frage.“ (S 65, Karl-Heinz Rathke, Die Kirche nicht im Dorf lassen, o.J Sonderdruck Die Brücke)
Nach dieser erfreulichen Reaktion unter der Pfarrerschaft und auch der Kirchenleitung, die die Anregung zwar gut hieß aber „von oben her“ nichts tun wollte, gelang es Pfr. Gerhold die beiden ältesten in Österreich vertretenen Missionsgesellschaften (Basler Mission und Leipziger Mission) zu einem Verein zusammen zu schließen. 1952 wurden die Statuten genehmigt, dem Vorstand gehörten an: Pfr. Gerhold, Pfr. Taferner, Pfr. K. Eichmeyer und A. Oberlerchner.
1952 wurde ein Verein gegründet und der Mitgliederstand betrug 41 Pfarrer.
Bis 1973 waren es nie mehr als 75 Mitglieder.
1974 hat der EAWM im Einverständnis mit der Basler und Leipziger Mission die „Missionarische(n) Dienste“ errichtet. Mit diesem Amt wurde Pfr. Karl-Heinz Rathke, der 12 Jahre in der Presbyterian Church of Cameroon gearbeitet hatte, betraut.
Durch seine aktive Reise- und Vortragstätigkeit wuchs das Verständnis für die Anliegen der Weltmission in Österreich. In jeder Diözese gab es verantwortliche Diözesanobleute, die in den Diözesen als Multiplikatoren dienten. Nach seinem Ausscheiden Anfang der 80er Jahre musste die rege Reise- und Vortragstätigkeit stark reduziert werden.
1986 wurde Pfr. Manfred Golda Obmann des EAWM. Er war zuvor u.a. tätig als Gemeindedienstreferent beim Berliner Missionswerk und Studentenpfarrer in Wien. 1991 wurde ein hauptamtlicher Geschäftsführer (Mag. Gottfried Mernyi) angestellt. Dadurch konnte der EAWM seine Tätigkeiten stark ausweiten. Zum Beispiel wurden in Tansania zwei große medizinische Projekte sowohl finanziell als auch personell gefördert (Orthopädie Klinik und HIV/AIDS Projekt). 2010 beendete die österreichische Kirchenleitung aus Einsparungsgründen die Subventionen. Dies brachte den Verein in eine existenzbedrohende Lage. Durch die historisch gewachsenen Beziehungen zu den Partnerkirchen in Ghana, Kamerun und Süd Sudan einerseits und der Basler Mission/mission21 andererseits, aber auch in Verantwortung zum ursprünglichen Gründungsgedanken hat sich der Vorstand zur Weiterarbeit entschlossen und wurde nachfolgend von dem ehrenamtlich arbeitenden Vorstand geführt.
2015 wurde der EAWM in Zusammenarbeit mit anderen AEBW-Mitgliedern mit dem proCum Cert-Zertifikat ausgezeichnet für die Einführung eines Qualitätsmanagementsystems. Der 2016 neu gewählte Vorstand setzte weitere neue Initiativen, und schloss u.a. mit der Kirchenleitung ein neues Subventionsabkommen sowie einen Projektabwicklungsvertrag. Weiters gibt es eine Kooperation mit der Stelle für kirchliche Partnerschaft. Ebenso eng sind die Kooperationen mit der Basler Mission und Mission 21. Seit 2018 hat der EAWM wieder einen Geschäftsführer. 2019 wurde ein erneuertes Leitbild beschlossen und 2020 hat sich der EAWM ein neues Erscheinungsbild verpasst.